Жестоким гонениям подвергались протестанты. Церковь евангельских христиан-баптистов (ЕХБ) была самой многочисленной из всех протестантских церквей как в СССР, так и на Украине. При Сталине, в довоенные годы, баптисты жестоко преследовались. Во время войны Сталин изменил политику в отношении религий, был образован Совет по делам религий и культов (СДРК) при Совете Министров СССР. Тогда сталинское правительство пошло на те же шаги в отношении крупнейшей протестантской церкви, что и с РПЦ: вместо уничтожения оно пыталось превратить её в аппарат надзора и перевоспитания верующих. С этой целью сверху был образован Всесоюзный совет евангельских христиан-баптистов (ВСЕХБ).
Главной задачей ВСЕХБ был подбор на все церковные должности «своих людей». В 1960 году ВСЕХБ издал «Новое положение ВСЕХБ» и тайный документ — «Инструктивное письмо старшим пресвитерам», которые имели серьёзные расхождения с принципами баптистской церкви. Некоторые пресвитеры: А. Прокофьев, Г. Крючков, Г. Винс и другие, получившие «Инструктивное письмо», восприняли его как вероотступничество ВСЕХБ. В мае 1960 года они объединились в Инициативную группу. Прежде всего они призвали ВСЕХБ к покаянию.
Получив отказ, члены инициативной группы распространили секретное «Инструктивное письмо» и «Новое положение» с разъяснением отступнического духа этих документов среди баптистских общин, как зарегистрированных, так и нет. Следующим их шагом стали попытки собрать общий съезд общин ЕХБ со всей страны для переизбрания ВСЕХБ. Как считает Л. Алексеева, мощная петиционная кампания широких кругов баптистов в СДРК с требованием дать разрешение на проведение съезда удержала власть от немедленных репрессий в отношении членов инициативной группы. Однако в течение 1960–1963 годов было арестовано около 200 активных противников ВСЕХБ. Но это имело обратное действие. Баптисты массово переходили на сторону инициативной группы. 25 февраля 1962 года Инициативная группа превратилась в Оргкомитет по созыву всесоюзного съезда. Чтобы окончательно не потерять контроль над баптистами, СДРК прибег к созыву съезда ВСЕХБ, на котором были представлены исключительно общины, поддерживавшие ВСЕХБ.
На съезде было принято решение отменить «Новое положение» и «Инструктивное письмо», а вместо них был принят Устав ВСЕХБ. Этот документ был мягче и меньше противоречил евангельским принципам. По мнению властей, он мог стать компромиссом между ВСЕХБ и непокорными баптистскими общинами. Однако Оргкомитет и его сторонники не признали съезд легитимным. После неудачной делегации к А. Микояну — председателю Президиума ВС СССР — Оргкомитет потерял надежду на проведение демократического съезда общин ЕХБ. В сентябре 1965 года непокорные общины образовали отдельную церковь, не подчинённую ВСЕХБ, с постоянным руководящим органом — Советом церквей ЕХБ (СЦ ЕХБ). В него вошло 11 членов. Уже в мае 1966 года руководители СЦ ЕХБ М. Хорев, Г. Крючков и Г. Винс были арестованы. Они были приговорены к трёхлетнему лагерному заключению. С тех пор не было ни дня, когда бы членам Совета церквей не угрожал арест.